لم يتم توثيق الآثار الجانبية للبروبيوتيك جيدًا بعد ، بسبب المتغيرات العديدة التي تؤثر على الدراسات المعنية.
/ الخمائر التي تظهر "تأثيراً إيجابياً على" توازن النبيت الجرثومي المعوي ؛ ولكن أي من سلالات الكائنات الحية المجهرية هو الأنسب لتنظيم مستعمرتنا المعوية؟ علم الوراثة ، والألفة ، والذاتية ، ورضاعة الأطفال ، ونمط الحياة ، والتغذية ، إلخ. هذه هي الأشياء المجهولة التي تؤثر على اختيار السلالة البكتيرية المناسبة ، والتي يجب تقييمها لتجنب أي آثار جانبية للبروبيوتيك.صراع الأسهم ) في حقل البحث Pubmed ، تضمنت النتيجة حوالي 6000 تجربة لـ 300 صفحة من النص ؛ على العكس من ذلك ، من خلال كتابة "الآثار الجانبية لبكتيريا بروبيوتيك" ، فإن النتائج ليست سوى توضيح. هذا لا يعني أن الآثار الجانبية للبروبيوتيك ليست ذات صلة أو غائبة ، ولكن ببساطة أن الباحثين لم يجروا بعد تجارب محددة كافية عليها.
ومع ذلك ، من خلال البحث الذي تم إجراؤه حول التأثيرات العامة للبروبيوتيك ، ظهرت عدة جوانب تتركنا في حيرة من أمرنا بشأن الخفة التي يتم بها إدارة هذا العلاج.
ضد المعادن أو المعادن الموجودة في المنتجات الصيدلانية ؛ يحد وجود هذه "الملوثات" من التطبيق العلاجي لبعض المنتجات فقط على المستهلكين الذين لا يعانون من فرط الحساسية.